Whey Protein-Isolat wird durch Mikrofiltrierung oder mittels Ionenaustausch-Verfahren gewonnen und besitzt einen Proteingehalt von 90%. Zudem enthält Whey Protein-Isolat einen Fett- und Milchzuckeranteil von weniger als 1%. Whey Protein-Isolat ist somit qualitativ besser als Whey Protein-Konzentrat, weil es einen höheren Proteinanteil hat und durch den geringen Milchzuckeranteil besser verdaulich ist.