Soja Protein hat eine biologische Wertigkeit von etwa 80, besitzt aber zudem einen hohen Anteil an L-Glutamin. Es ist ein pflanzliches Protein und man unterscheidet wie bei Whey Protein zwischen Konzentrat und Isolat. Der Nachteil von Sojaprotein liegt darin, dass es einen höheren Anteil weiblicher Hormone aufweist und zudem nicht gut verdaulich ist. Diese Nachteile treten jedoch nur bei Sojaprotein-Konzentrat auf. Sojaprotein-Isolat hingegen ist gut verträglich und weist einen normalen Anteil an weiblichen Hormonen auf.
Sowie auch das Eiprotein, ist das Soja Protein vor allem für laktoseintolerante Personen geeignet, da es keinen Milchzucker enthält. Es wird meistens in einer Proteinmischung zusammen mit Eiprotein angeboten.